おそらく、「処理の量が多いから途中でタイムアウトしたよ！」というエラーだと思います。
ゆくゆくはDBとしてご利用になりたいということなので、
普通のQHMユーザーより、ページ数などコンテンツ（？）が多いのではないでしょうか。
素人考えですが、DBとして使うには現状のQHMでは負荷が大きいような気がします。
システム内部をご自分でいじること（改造？）が出来れば、解決出来ると思いますが
phpとかの知識がないと難しいかも、ですね。
▼ちなみにQHMの元となっているpukiwikiのフォーラムで似たような事が話題に挙っています。
[[
http://pukiwiki.sourceforge.jp/?%E7%B6%9A%E3%83%BB%E8%B3%AA%E5%95%8F%E7%AE%B1%2F267]]
まずは
エラーの内容と、DBとして使いたい具体的な用途例をあげて、
北研さんのサポートへ連絡してみてはいかがでしょうか？？？
バグでない限りすぐに対応というのはないかもしれませんが
要望が多そうな機能なら次のバージョンアップで採用（改善？）してもらえるかも知れません。
なにより自分で改造するより安全かと…。
